1921年，当时刚刚成立的日本足协正式举办了“英式蹴球全国优胜竞技会”，而这契机则来源于1919年自英足总获赠的银杯（FA Cup）。这座银色的奖盃作为奖品被授予了此后每一届大会的冠军，但太平洋战争末期，由于当时日本国内金属不足，这座奖盃被强制回收。2011年，为庆祝协会创立90周年，日本足协请求英足总重塑这座奖盃并再次赠予自己，这座奖盃时隔66年得以复活并继续他的使命。

1921年9月10日，在当时的会长今村次吉的私宅举行了第1次日本足协理事会，并且正式提出了英式蹴球全国优胜竞技会概要。第1届（1921年）赛事预选赛从9月踢到了11月，来自关东、中部、关西、西部四个地域共20支球队参加了预选赛。11月下半月在日比谷公园进行正赛阶段，有1支队伍弃权，3支球队参加了正赛阶段比赛，东京蹴球团成为了第1届比赛的冠军。

1924年第4届开始，该项赛事改由内务省主办、日本足协运作，也就此开始作为日本全国综合运动大会的明治神宫竞技大会的英式蹴球项目进行。

1926年，由于由内务省主办的明治神宫大会不允许学生参加，文部省因此介入，第6届全日本选手权得以脱离明治神宫大会进行，但当年因为大正天皇驾崩，只能中止举办。次年由于明治神宫大会再次允许学生参加，该项赛事也再次成为明治神宫大会的一部分。而从当年开始，明治神宫大会改为隔年进行，在没有大会的年份全日本选手权才得以独立。

当时的夺冠热门多为大学球队，而相比由全国球队参加的全日本选手权，大学联赛和东西王座决定战相比之下水準更高，也更受大学球队重视。因而也就出现了如第11届日本选手权东大LB用二队夺冠，一队专注联赛的情况。

1935年，全日本综合选手权大会设立，该赛事和明治神宫综合大会并立。自当年起，明治神宫大会的冠军依然可以得到银杯奖励（至37年第9届大会为止），而全日本综合选手权大会的冠军则成为了日后官方统计的全日本选手权冠军，并被授予日本足协杯（日本蹴球协会杯 ）。

1946年举办的第26届全日本选手权也被称作“复兴第1届全日本选手权大会”，关东和关西的预选赛冠军于5月5日进行了总冠军的争夺。

1947年4月3日，昭和天皇到场观看了当时的“东西对抗赛”，翌年7月，日本足协在宫内厅拜领了天皇杯，而从1951年起，这项赛事名称也就改为了“天皇杯全日本足球选手权大会”。

1960年的第40届大会上，古河电工成为了第一支夺得冠军的企业球队，而自1966年第66届大会早稻田大学捧杯后，再也没有大学球队能够夺得天皇杯冠军。

1964年，第44届天皇杯由A、B组（各5支球队）的小组第一进行决赛争夺，而即便经过加时赛，八幡制铁和古河电工也未能分出胜负，最终两队同时夺冠，这也成为了天皇杯历史上第一次出现并列冠军。

1967年，第47届天皇杯由于比赛时间和场地出现状况，比赛只能放在了藤枝东高和国泰寺高的校园内进行。

1968年，当时的长沼健等足协官员决定将比赛放在年末，决赛定于1月1日在国立霞之丘陆上竞技场比赛进行。此举是考虑到当时每年元旦250万人会到明治神宫参拜，而在他们回去的路上即便1%的人愿意到场，观众数也会有很大提高。而这样的安排也成为了天皇杯的一个传统。

随着1965年日本足球联赛（JSL）的创立，JSL和全日本大学选手权前四的球队会自动获得天皇杯参赛资格。但当时舆论呼声天皇杯应当向作为模板的开放化的英格兰足总杯看齐，于是从第52届（1972年）开始，天皇杯得以开放化，而得以实现开放化的要因正是此前元日决胜的举措带来的良好的财政状况。第52届天皇杯有75支球队参赛，而到了53届（1973年），参赛球队骤增至807支，第54届（1974年）更是达到了1105支球队。

作为职业球队和业余球队同场竞技的舞台，天皇杯于第76届到第94届允许第2类注册球队（高中球队）参赛。

2004年，第84届天皇杯开始再次改革。开赛时间从此前的12月前提到了9月份，这是处于北海道、东北、北信越等寒冷地带能够举办更多的比赛考虑，不用打前几轮的J1球队也不再能够获得主场优势。2005年，出于toto彩票考虑，J联赛也加入了主办团体。

第6届（1926年）：大正天皇病情加重（大正天皇于1926年12月25日驾崩）

第14届（1934年）：远东选手权大会举办，这也是唯一因为其他赛事举办而中止的大会

第21-25届（1941-1945年）：太平洋战争

第27-28届（1947-1948年）：局势动荡

主办：日本足球协会、日本职业足球联盟（Japan Professional Soccer League）

协办：日本放送协会（NHK）、共同通信社、各都道府县足球协会所在共同通信加盟社

2004年至2009年基本按照下表安排日程，自2010年起由于J联赛及联赛杯比赛影响，天皇杯赛程均有微调。

由各都道府县足协和俱乐部协商决定，J联赛俱乐部作为主队时一般使用该俱乐部主场（或第二主场）进行比赛，当然也存在如广岛县首战不使用俱乐部常用主场的特例。

国立霞之丘陆上竞技场

决赛方面，第48届（1968年）天皇杯-第93届（2013年）天皇杯的决赛场地均在国立霞之丘陆上竞技场，但由于新国立竞技场改建（旧国立竞技场已于2015年拆除）的缘故，决赛场地改由各都道府县申办、日本足协审议决定的方式产生。第94届天皇杯决赛场地为横滨日产体育场 、第95届天皇杯决赛场地为味之素体育场、第96届天皇杯决赛场地为吹田市立足球场、第97、98届天皇杯决赛场地为埼玉2002体育场。

直接晋级天皇杯正赛的种子球队（J1共18支球队、J2共22支球队、业余种子队1支球队）和47支通过获得都道府县选手权大会冠军取得正赛资格的球队。

注释一：以下球队均以“业余种子队”身份直接获得过天皇杯正赛资格：

①JFL联赛冠军球队。仅不适用于第94、96、98届天皇杯，一般从第一轮出场，91届为第二轮出场。

Ⅰ 到第90届为止及92、93届JFL的卫冕冠军

Ⅱ 91届为当年JFL第7轮至各队11场比赛结束时的联赛领头羊

第98届天皇杯海报

Ⅲ 95届为当年第一阶段冠军

Ⅳ 97届为JFL推荐球队

②上届天皇杯表现最出色业余球队（即J1、J2外球队）。仅适用于94届天皇杯，从第一轮出场。

③日本大学足球选手权冠军球队。仅适用于96届、98届（2018年）天皇杯，从第一轮出场。

④总理大臣杯日本大学足球锦标赛冠军球队。到91届为止，从第一轮出场。

⑤高元宫杯日本青年足球大赛冠军球队。到83届为止，从第一轮出场。

注释二：都道府县选手权大会兼具天皇杯预选赛作用，J3联赛及以下级别联赛球队均需通过此方式获得天皇杯正赛资格。若都道府县选手权大会冠军已获得种子球队身份（如第81届的长崎大学），则名额由亚军递补。

注释三：伴随规则修改，从第95届（2015年）天皇杯开始，将不再允许高中·青年世代（即第2类注册球队）参加此项赛事。

注：（1）现存俱乐部以当前名称进行记录、已经消失的俱乐部以当时名称进行记录

（2）大学球队成绩包括了纯学生组成球队及学生、OB混编球队总成绩

（3）J联赛俱乐部成绩包含该俱乐部前身成绩

注：自J联赛球队开始参加天皇杯的1992年统计，不包括俱乐部前身成绩

冠军将获得天皇杯（31届之后）、日本足协杯、英足总银杯（91届之后）、表彰状、奖牌、NHK杯（48届后）、共同通信社杯、JOC杯、德国杯（85届后）等奖励，冠军球队 还有权在下一届天皇杯比赛中身着印有特别标记的球衣出战（2009年起取消此强制规定 ）。此外，冠军球队将获得1.5亿日元（税前）、亚军5000万日元（税前）、两个第三名分别获得2000万日元（税前）的球队强化费。

此外，天皇杯冠军还将获得来年日本超级盃参赛资格和亚冠参赛资格。若同时获得J1联赛冠军，则超级盃资格顺延J1联赛第二；若同时取得J1联赛前三位，则亚冠资格顺延J1联赛第四。值得一提的是，由于亚冠规定亚冠出场球队需拥有参加顶级联赛资格，若天皇杯冠军未获得次年 J1联赛执照，可以向日本足协申请特别执照许可，如果不提出申请或申请失败，则亚冠名额顺延给J1联赛高顺位球队。