在硬体设施上，博多南车站虽然是以新干线标準所设计，但在实务上进出本站的列车清一色都属在来线特急列车等级。至于管理上，博多南车站虽然是由JR西日本所管辖，但在实际业务上却是委託JR九州负责，由博多车站指定站务人员至本站值勤。车站内设有山阳新干线的自动补票机（自动改札机），但站内的旅行服务中心却是由JR九州经营，併兼营与绿色视窗相同的票务业务。

1990年（平成2年）4月1日 - 西日本旅客铁道设定本站。

2005年（平成17年）2月27日 - 导入自动补票机。

2010年（平成22年）4月1日 - JR九州车站视窗业务委託取消。