新鸟栖是九州新干线鹿儿岛线与在来线长崎本线的交会车站，其在来线与新干线的月台区是采立体的方式交叠，轨道并无互通。但由于尚未通车的九州新干线长崎线（西九州线）预计以长崎本线原本的路轨经过整备之后升级成新干线路线使用，或甚至导入可变轨距列车运行，因此届时新鸟栖也会变成九州新干线鹿儿岛与长崎两条路线的分歧车站，以接驳线的方式导引鹿儿岛线上的列车，进入长崎本线的路轨。