2008年3月，哈尔滨市机构编制委员会批覆（哈编字〔2008〕36号），根据《黑龙江省机构编制委员会关于核定哈尔滨市劳动仲裁院机构规格的通知》（黑编〔2007〕105号）和2005年第二次市机构编制委员会主任办公会议纪要精神，将哈尔滨市劳动仲裁院机构规格定为副局级事业单位。2008年12月，哈尔滨市机构编制委员会确定哈尔滨市劳动仲裁院为行政支持类事业单位。2009年，经黑龙江省人力资源和社会保障厅批准，哈尔滨市劳动仲裁院为参照《中华人民共和国公务员法》管理单位。机构内设三个庭：立案审监庭（含综合办公室）、劳动关係庭和社会保险庭。人员编制15人，设院长1名（副局级），副院长1名（正处级），庭长3名（副处级），副庭长3名（正科级）。

涉及在哈的中省直企业、三资企业、外地驻哈企业、部分森工企业、部队驻哈企业等用人（用工）单位的劳动争议案件。