相传隋唐时，山顶建有道观。明嘉靖年间，梨溪黄姓买得此山，遂于顶峰下东面狮子口内建寺庙，初时规模较小。时有广定禅师，俗姓袁，本县潭坊人，幼失父母，24岁出家，从师军峰山僧仁敬、富贵山僧仁亮，赐名广定，道号无用。“幼未读书，但凡诸经典，入耳即悟，出口成偈”。万曆辛卯（1591年）应请入主九峰寺，“常静住一室，或独卧柱木，若达摩之面壁。”一时信佛者、皈依者倍增。寺中凡有营建，众信徒皆竭力相助，庙宇“岿然即成丛林”。大雄宝殿、观音堂、藏经阁等环山傍崖，居高临下，别具风格。香客游人不断，时临川刑部尚书舒化侍之以师，崇仁宰相吴道南赠“大光明藏”匾额，九峰更绰绰有名。后广定禅师游历于彭山、晋净、白土诸寺之间，天启二年（1622年）再返九峰，不久圆寂。塔建于寺前半山路侧，现尚保存。记载广定生平的《九峰和尚行实记》碑刻亦保存完好。

九峰山寺虽几经兴废，但高僧名衲，登临不断。1966年，近代佛学大师，时称“江西佛学三杰”之一的里人欧阳渐，为守母丧，禅居九峰经年。1908年，欧阳大师与另一“杰”李证刚又上九峰经营农业，并讲学说法，慕名而来的学者、信徒络绎不绝，为九峰山寺又一隆盛时期。

民国后期，九峰山寺逐渐衰落。1966年“文革”中，寺庙全部拆除，但基址犹存，础石井然，，四周胜景遗蹟，仍具诱人的魅力。寺址旁灵星井，实为矿泉，甘甜清冽，有治病功效。相传“千人千有水，十人水不满”，终年涓流不息。泉旁一方岩石，由山壁伸出，如鲤鱼跳龙门；岩山复立一石，形似观音，中间仅一块小石相托，称为“观音坐莲台”。曾有联曰：“座上莲花占尽西湖三月景，岩下鲤鱼跳出南海一展春。”寺前芭蕉丛中有两旺清水，被誉为“两潭印月”；正对殿前的三根紫竹，不砍不多，砍一根翌年再长一根，永远保持三根，称为“三炷清香”。此外尚有曲折怪离的“取经路”，足印鲜明的“升天岩”。山南辟有一广场，为一山头被削平而成，宽及数百平方米，四周砌以石塝，相传为谭纶练兵之处。

1994年，僧侣在旧基上建有殿堂一栋，维持香火，后信众游者日增，重建九峰，众望所归，经数年筹集，其大雄宝殿等建筑已一一规划就绪。一九九七年列为开放寺庙。