二级结构标準的单件tmRNAs

完整的大肠桿菌tmRNA的二级结构被阐明的序列比较分析和结构的探测[5] [6]的Watson-Crick和顾硷基对被确定通过比较细菌tmRNA的序列组合使用自动的计算方法与手动对齐程式。[7] [8]的附图示出这个原型的tmRNA的，这是组织成12个系统发育上支持的螺旋（也称为配对P1到P12），部分分为螺旋片段的硷基配对模式。

tmRNA的每一个突出的特点是保守的类似tRNA的域名（TLD），12，螺旋1和2A（类似物，tRNA接受乾，T-乾变乾，分别）组成，并含有5'磷酸3'CCA alanylatable结束。 tmRNA的标準包含了一大圈假结和标籤肽的编码序列（CDS），标誌着恢复密码子和终止密码子的mRNA状区域（MLR）。编码标记的肽（在大肠桿菌中ANDENYALAA）不同的细菌，可能根据蛋白酶和适配器提供的一组。【9】

tmRNAs通常包含四个伪结之一（PK1）的标籤肽的CDS的上游，和其他三个伪结（PK2 PK4）下游的CDS。假结地区，虽然普遍保守，进化普拉希奇。例如，PK4在蓝藻的（一体）tmRNAs的，被取代的两个串联布置更小的伪结。这表明，tmRNA的摺叠之外的顶级域名（TLD）也很重要，但SSRA序列丢失偏离质和共生谱系之间的第一个结构是保守的残留物和假结，假结地区缺乏。在大肠桿菌tmRNA的三假结区域的硷基配对的反式翻译过程中的干扰。[7] [10]

双件tmRNAs的

循环置换SSRA据报导，在三大谱系：i）所有Alphaproteobacteria中的原始线粒体原生生物jakobid，II）两个不相交的蓝藻群体（Gloeobacter和一个支系，其中包含原绿球藻和多聚球藻），III）的一些成员taproteobacteria（贪铜菌属和一些Rhodocyclales）。[11][12]产生相同的整体件（受体和编码枚）的形式，相当于下游的读码框的缺口的标準形式。没有保留两个以上的伪结相比，四个（或更多）的标準tmRNA的。

tmRNA的处理

大多数tmRNAs转录大很像处理的tRNA前体。在5'末端的裂解是由核糖核酸酶P.[4]较多的核酸外切酶可以参与tmRNA的3'末端的处理，但RNA酶T和核糖核酸酶PH是最有效的。[14] [15]根据细菌的种类，3'-CCA可以是编码或由醯tRNA nucleotidyltransferase的添加。 类似的处理在内部网站置换前体tmRNA的解释其物理分裂成两块。的两件式tmRNAs的有两个额外的端部，其处理中必须加以考虑。的Alphaproteobacteria中，是未处理的转录起始位点5'端[16]的3'末端的远在某些情况下，可能是ρ-独立终止的结果。