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转录组测序

转录组测序

转录组测序

转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者,蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述,转录组成为研究基因表达的主要手段,转录组是连线基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。

基本介绍

  • 中文名:转录组测序
  • 外文名:RNA-seq
  • 释义:某生理条件下细胞所有的转录产物
  • 所属学科:生物学

简介

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括 mRNA和非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛套用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

转录组测序平台

随着亚太地区第一台Illumina Genome Analyzer Ⅱx测序仪进入天津生物晶片,可以提供测序读长为75*2 bp, 每次运行数据量达50-60GB。对于4-5Mb的基因组,可确保每个基因组测序量达到400Mb(100倍覆盖),足以满足全基因组denovo测序和SNP鉴定的需要。Solexa高通量测序平台均可对转录组进行测序,由于两种平台各有其优缺点,针对不同的样品情况,需灵活选用。Illumina测序技术的优点是单次测序获得的数据量大,能够得到更高的覆盖率,检测到更多低丰度的转录本,在已知基因组序列物种的转录组分析中更具优势。
Roche 454测序技术的优点是单序列读长可以达到500bp,在未知基因组序列物种的转录组分析中更有优势,其较长的读长便于拼接,能获得更好的转录本数据。
Phil Latreille等利用光学图谱研究了X. nematophila基因组,完成了基因组的组装。OpGen公司开发了一种新型的光学图谱技术。天津生物晶片技术责任有限公司于2012年引进国内首台基因组光学图谱,将传统测序技术与基因组光学图谱,可以提供更加完美的基因测序服务。

测序产品功能

1. 获得物种或者组织的转录本信息;
2. 得到转录本上基因的相关信息,如:基因结构,功能等;
3. 发现新的基因;
4. 基因结构最佳化;
5. 发现可变剪下;
6. 发现基因融合;
7. 基因表达差异分析。

技术路线

转录组测序
样品要求:
⑴样品纯度要求: total RNA OD值应在1.8至2.2之间;电泳检测28S:18S至少大于1.5;⑵样品浓度: total RNA浓度不低于400ng/ul;样品总量不低于15ug;目前最新的样品建库要求降低到1ug,浓度大于50ng/ul即可。
⑶请提供total RNA样品具体浓度、体积、製备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品製备,需要提供多次样品製备所需样品。

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