佛祖寺原名古佛岩，始建于公元855年（唐宣宗皇帝大中九年），地处大足宝顶镇，位居宝顶山古佛岩顶端，仅为一座小寺庙，庙中供奉一尊3米多高的唐代雕刻的古佛像，南宋绍兴年间因大风雨而垮塌。

期间，有柳本尊（俗名柳居直）驻寺数年，苦行传道，广设教坛，弘扬密教，兼医施药，救民疾苦，专持“大轮五部密咒”苦修炼，终成正果，独创“柳密”一派，被五代皇帝王建敕封为“唐瑜伽部总持王”。唐明宗皇帝李嗣原赐其院额“大轮”，后北宋神宗皇帝周桢敕封为“圣寿本尊”，译位“长寿”祖师，成为一代密宗大教主。

宝顶山石刻创始人赵智凤（公元前1159-1249年），南宋高宗绍兴29年7月14出生于大足县米粮里沙溪，5岁时在佛祖寺落髮出家，法名智宗，潜心研习佛教经典，后领柳本尊法旨承持其教号“六代祖师传米印”。

赵智凤为纪念人在小庙，却心繫众生的师父，重建了寺庙，并扩大其规模，将庙宇的名称该为“佛祖寺"，并亲笔题写了“佛祖寺”三字，刻成匾额高挂于大殿正门之上。史碑记载，当时占地面积397亩，殿宇林立，僧众数百，高僧辈出，是当时大足县唯一的一座佛教寺院。

赵智凤为完成师父遗愿，使宗风远播，佛法常兴，从古佛岩开始，呕心沥血费尽千辛万苦，用一生70年的心血，创建宝顶山摩岩造像群这个浩大石窟，将大足石刻缔造成为具有特色的密宗金刚道场，从而将中国汉地密宗史延续了400多年，为中国佛教密宗增添新页！­

佛祖寺作为世界文化遗产大足石刻的重要组成部分，占地35亩，建筑面积近千平方米，分前中后三层。庙中最着名的是一尊弥勒佛，袒胸露腹，面南而坐，坐身高1.78米，肩宽1.78米，胸厚0.84米，佛头高0.53米，面宽0.38米，面部至后脑0.46米，加上莲台有3米多，被誉为亚洲第一笑罗汉。

每年2月19力、6月19日、9月19日的观音法会，沐浴法会，盂兰法会放河灯，拜梁皇忏，三千佛忏，法华会，放长生焰，超度焰，供天，阴阳普佛等佛事。