1998年，浣熊市爆发大规模T病毒感染事件，为抑制T病毒的继续蔓延，美国政府不得已用核弹将浣熊市夷为废墟。不过，在此次核爆之中仍有部分人员存活下来，逃过一劫。 然而，真正的全球性生化危机也就此开始…… 二十年后，也就是在2018年，在美国加州政府的支持下，谢菲尔生物製药公司终于研製出一种可以完全抑制并破坏T病毒活性的A－T抗病毒血清，也就理所当然成为世界上第一个反生化战争的代表性公司！美国便在谢菲尔製药公司的援助下打算重建浣熊市，然而，谢菲尔製药公司此番动作的真正目的看似意义重大，实则却是另有阴谋，四份国际基因病毒组织研究报告遗失各地，而其中的内容也恰恰揭示了A－T抗病毒血清的实际效用。 但此时，国际恐怖份子因为早已掌握T病毒的研究资料，企图以此给世界带来新的混乱，纷繁杂乱的争斗也开始轮番上演……