二级生物安全柜同一级生物安全柜一样，气体也是从外部流入二级生物安全柜，通常称为进流。进流能够防止微生物操作时产生的气溶胶从安全柜前面操作视窗逃逸到实验室内。然而，它们不同于一级生物安全柜之处为，只让经HEPA过滤的（无菌的）空气流过工作檯面。内置风机将空气经前面的开口引入安全柜内并进入前面的进风格栅。因此没有经过过滤器过滤的空气不会直接进入工作区，从而保护安全柜内部存放的样品和仪器不被外界空气所污染。