游戏开始于余杭镇一个小客栈。南盗侠夫妇之子李逍遥在客栈内赶走一个乞酒喝的破道士并约定在十里坡传授剑术后，婶婶突然患病昏迷。为治婶婶的病，他欲上仙灵岛求仙药，得到3个苗人赠与的破天锤，并喝下忘忧散。来到仙灵岛，用破天锤打碎修罗石像后，懈逅正在沐浴的少女赵灵儿，并取得灵药。无奈灵儿姥姥回来，误认为逍遥欺负灵儿，逼迫二人成亲。

逍遥为救婶婶，清晨拿着仙药紫金丹离开。婶婶甦醒后，逍遥先前所服望忧散发作，失去了从仙灵岛拿药回来的全部记忆。半夜去十里坡学剑回来，在客栈二楼见到被绑架的灵儿，二人同回仙灵岛，发现姥姥已死。李逍遥的婶婶得知二人已成亲后，令逍遥带灵儿去黑苗找她母亲（巫后）。二人搭顺风船来到苏州。

在苏州城门外，二人遇见刁蛮少女林月如。李逍遥为救一对私奔男女打败月如，将其绑于树上。后月如遇到流氓袭击，逍遥灵儿救她后，她为面子将逍遥刺伤后逃窜。灵儿拚死用还魂咒救活逍遥，二人进城。

进城后在一间客栈内救出被群殴的书生刘晋元，逍遥与他长谈一夜，以为知己，早晨陪灵儿去玩，碰见月如比武招亲，逍遥上擂台打败她后被要求入赘林家。刘晋元（月如表哥）和逍遥坚决反对。半夜,，灵儿女娲后人的特徵显露出来（现出蛇身），不知实情的逍遥以为灵儿被蛇妖掳走，和月如一起追至隐龙窟。

杀掉隐龙窟里的蛇妖男和狐妖女后没有灵儿的下落。二人遂放出里面的一群少女，并来到小镇摆到桌面上白河村。在村长兼大夫韩医仙家遇见灵儿。此时她已怀有身孕，但因不想逍遥知道且身体虚弱而假装昏迷。逍遥与月如分头取药将她治好。三人为报答韩医仙除掉了一个佛珠幻化的和尚和黑水镇的尸妖（获得土灵珠）。回来后发现韩医仙女儿被苗人掳走，于是来到鬼阴山。灵儿为救其他两人跟随苗人石长老离开。

逍遥月如来到扬州城，打败女飞贼后离开（建议此处练级），经过蟾蜍洞打死拦路的柳媚娘离开（蟾蜍身体里有五毒珠）。在一处小酒馆内与被剑圣抓走的灵儿后，来到京城。

月如的云姨家真豪华。二人在尚书府中见到月如表哥刘晋元。他已与身世不明的少女彩依成亲，且身患不明疾病,需每天服药才能甦醒。逍遥月如怀疑彩依有问题，请道士来除妖，意外见到教逍遥剑法的破道士酒剑仙。酒剑仙在府中作法神游。心急的月如独自去找彩依，逍遥赶到，急于採药的彩依逃跑。二人尾随，见到元兇黑蜘蛛一只，苦战时酒剑仙赶到助阵（获得雷灵珠）。原来彩依是蝴蝶幻化而成，为报答刘晋元的救命之恩才捨身相救。无奈刘晋元身中毒丝之毒,彩依用千年道行救了他，化成蝴蝶飞去......留下的只有一段回忆。

二人为找灵儿随酒剑仙来到蜀山，进入锁妖塔见到被锁于剑柱上，现出原形的灵儿。逍遥记忆复甦，灵儿原是女娲后人。三人合力打败镇守锁妖塔的镇狱明王，破坏七根剑柱（七条不同属性的龙）后，锁妖塔坍塌。月如不幸牺牲。

逍遥在圣姑家醒来，方知自己已经在白苗国都大理城下。圣姑为了给灵儿做保胎药，需要麒麟角和凤凰蛋壳，并要找到36个傀儡虫救月如。在找凤凰蛋壳时，逍遥邂逅了调皮可爱的阿奴，在阿奴的帮助下找到麒麟角，凤凰蛋壳（获得风、火灵珠）逍遥回到十年前，见到了灵儿的母亲巫后。了解了黑苗教主拜月想要训练水魔兽以统治苗人的阴谋，巫后与水魔兽同归于尽后，逍遥帮助她的侍女（灵儿的姥姥）将小时的灵儿送到仙灵岛并与小时的逍遥换的水灵珠后回到现实。二人帮助桃花村的桃树精们打败了妖怪，找全了36个傀儡虫。

回到圣姑家，逍遥的女儿终于安全出生了，灵儿和逍遥为了纪念月如给女儿取了忆如这个名字，灵儿和逍遥把忆如寄放圣姑家后，来到了大理。此时的大理因为受黑苗教主拜月的控制已经大旱几年了，灵儿身为黑苗公主用五颗灵珠求雨，成功后大家欢庆时,，拜月的地魔兽突然出现，随之而来是一个无底深渊。

穿过地底通道到达地底王宫。从地底王宫进入王宫大殿，看到巫王独自坐在王座上，巫王要将王位让给灵儿，并原谅他的行为。话没说完，拜月教主就出来制止。李逍遥打败他派出的殿前武士，巫王突然偷袭灵儿，使她受了重伤。原来巫王早已被拜月教主害死，这个巫王是妖怪乔装而成。李逍遥和阿奴杀掉这个装扮成巫王的妖怪后，阿奴留下来为灵儿疗伤，李逍遥则在王宫入口处追上拜月教主。拜月教主承认水灾和旱灾均是他一手操纵，他要率领魔兽征服天下。这时灵儿和阿奴也赶到，三人合力将拜月教主打倒。拜月教主投水，与水魔兽合体，引发大水，将李逍遥和阿奴沖走，只有灵儿飞身上前与水魔兽决战。

魔兽消失了，大水也退了，但灵儿不再出现。不久李逍遥与阿奴告别，独自离开了苗疆。阿奴送走了逍遥，也送走了她的心。月如得圣姑以傀儡虫复生，抱着初生的忆如，等待李逍遥和灵儿归来。

情怨--出自女娲神殿、救巫后时和在试炼窟底女娲陵寝处。带圣歌式的配乐，似在无语诉说，如珠落玉盘。

雨--求雨成功，天降甘霖，万物复甦，干戈顿化流水去。仙剑中最动听的音乐之一，旋律如寂静的暗夜里射出的光明，逐渐照亮整个大地。清丽的开头，略急的高潮，意犹未尽的结束。夙愿完成，些许激昂，些许感慨，些许唏嘘。

看尽前尘--蜀山音乐，宛如进入另一个世界，有俯瞰尘世的感觉，流露道家仙气。

盟誓--出自水月良宵夜、尚书府后山对月如的表白和灵儿产子时。曲调幽怨，略带悲愤，仿佛直质人心："可当真？"

蝶恋--大名鼎鼎，享誉千古、催人泪下、百转千回的《蝶恋》！所谓天下游戏出仙剑，天下音乐出蝶恋。这是无法用言语描述的美！其经典程度空前绝后。仙剑不可磨灭的第一背景音乐！彩依化蝶远飞去，酒剑仙悔叹无语。

蝶舞春园--尚书府后宅音乐，旋律缤纷华丽。

大开眼界--扬州城音乐，好似唢吶般的主旋律，配上滑音和小鼓敲敲，烟雨扬州风情万种。

比武招亲--热烈的节奏，激动的鼓点，紧迫的旋律，古典的摇滚。

风光--苏州城里的音乐，和灵儿携手看遍风光，舒心惬意，如清风抚面。

酒剑仙--酒剑仙舞剑音乐，迎战林天南七诀剑音乐。非常振奋激昂，侠气豪气油然而生，紧张乾脆，节奏鲜明。

余杭春日--从仙灵求药归来的音乐，描绘满心欢喜，略略急切的心情，充满阳光。

乐逍遥--客栈中，游戏开场音乐，欢快的鼓点，轻鬆的节奏，其非御江湖那种逍遥，而是乡间野下的自在，充满活力。扬州大堂审飞贼时也是此音乐，充满了诙谐和调侃。

云峰鹤谷--游戏片头动画音乐，清脆悠扬，恬静自然，有脱离尘世之感。唯恨此情此景，只在梦中，又显逍遥大侠沧桑。

仙剑98柔情篇实际上就是仙剑Win95版的简体字版本，在大陆地区发行；仙剑Win95版使用繁体字，在台湾，香港及海外地区发行。

1、98柔情篇改变了DOS版中使用静态图片的方式，添加片头，片尾动画。格式为AⅥ，只有在Windows95/98下运行游戏才能正常观看。

（2006年玩家louyihua(SuperMouse）製作了在WindowsXP/2003下完美观看动画的补丁。）

2、98柔情篇改用单一音乐格式：在DOS版中，根据用户配置的不同，背景音乐採用RⅨ格式（一种FM音乐格式）或者是MIDI格式；而在98版中则只用MIDI格式。

（2006年玩家louyihua(SuperMouse）製作了在98柔情篇中使用RⅨ格式音乐的补丁。）

3、98柔情篇重新製作音效。

4、若干场景被修改。例如：98版中进仙灵岛的道路加了一块巨石以遮挡视线；98版比武招亲时多加了许多观众；98版白河村的木桥变成了石桥。

5、若干迷宫地图被简化。被简化的地图包括：隐龙窟、将军冢、血池、鬼阴山、蛤蟆洞后洞、神木林、火眼麒麟洞、无底深渊。

6、若干文字被更改。例如：荷花池观音像上，DOS版“苦海无涯，回头是岸”，98版“苦海无边，回头是岸”。

7、98柔情篇加入了物品说明。

8、98柔情篇降低了我方习得法术应有的等级。

9、98柔情篇降低了大部分敌人的生命值。

10、98柔情篇可得到下列物品：夜行衣，魅影神靴。

11、98柔情篇在DOS版的基础上又增加了四首CD音轨：梦中大侠、拜月欺天、君莫悲、再续未了缘。

《仙剑奇侠传98柔情篇》是在大陆流传得最广的仙剑1，“柔情千缕，双飞伴月行；离愁万种，只影向谁去”的意境感人至深。