1998年4月爆发“副总统”连战借款伍泽元3628万新台币事件，“监察院”裁定连战罚款30万元，据悉是连战、伍泽元、“国大代表”黄哲谅等人联合炒作地皮的官商勾结行为。后来因四汴头弊案一审依贪污罪，重判无期徒刑，后改判十五年，不久以“病重须保外就医”为由，停止羁押，积极投入选战，当选第四届“立法委员”。随后高等法院改判轻刑，抗诉至最高法院。最高法院指摘第二审法官“故为违法裁判”，并将原案发回高院更审。随后伍泽元弃保潜逃至中国大陆至今。2002年被台湾高等法院发布通缉，2003年起被行政院列为台湾十大通缉要犯。

其胞弟伍锦霖，仍是现任中国国民党屏东县“立法委员”，曾任中国国民党的副秘书长，现在担任台湾地区代理“考试院”“院长”。

伍泽元于台湾省立屏东师範学校毕业，1971年于中央警官学校刑事系毕业，1979年于国立交通大学运输工程研究所取得工学硕士学位，1986年于中国文化大学实业计画研究所取得工学博士。

1993年，在省府任职的他被国民党推出伍泽元与屏东县长苏贞昌竞选，原因是当时屏东县派系分裂，派系声言只支持伍泽元竞选，最后击败苏贞昌，当选县长。

1998年4月，“监察院”调查当时任“副总统”的连战，借款新台币3,628万元给伍泽元供伍泽元用作竞选经费，却未依法在财产申报中登记，连战因此被裁定须罚款30万元。

1997年爆发四汴头弊案，伍泽元因涉嫌于台湾省政府住都局长期间，收受贿款新台币600万元，依贪污罪起诉，一审判无期徒刑，二审改判十五年，不久以“病重须保外就医”为由，获以新台币360万元保释就医。1998年，伍于保外期间，积极投入选战，当选第四届“立法委员”，因而取得任内的“司法免诉权”。最高法院后将原案发回高院更一审。

有鑒于伍泽元利用保外就医当选“立委”，乱及司法制度，2000年1月15日台湾当局“立法院”三读通过《保外就医回笼条款》（又称作《伍泽元条款》），以限制受刑人保外就医期间，不得从事医疗以外其他不当活动，违者将遭取消保外。

2001年3月，台湾板桥地检署，侦查八里污水厂蛋形消化槽工程弊案终结，伍泽元被控于任台湾省政府住都局长时，涉嫌以浮编工程预算方式，图利特定厂商达新台币十四亿元，被依“经办公用工程共同舞弊罪”、“违背职务收受贿赂罪”起诉，求处十五年徒刑、褫夺公权七年。同年12月，伍泽元竞选“立委”连任失败，随即以“立委”出国考察为由，潜逃至中国大陆。2002年被台湾高等法院发布通缉，2003年起被行政院列为台湾十大通缉要犯。

2008年9月22日，伍泽元因糖尿病併发症病逝于中国上海。