2008年被北京中医药大学评为研究生“毕业之星，十大优秀人物”。2011年获中国中西医结合学会首届中西医结合优秀青年贡献奖。近年来获得包括国家科技进步二等奖、中华中医药学会科技进步一等奖在内的国家及省部级科技进步奖8项：2009年北京市科技进步奖三等奖，2009年中华中医药学会科技进步一等奖，2010年北京市科技进步奖三等奖，2010年中华中医药学会科技进步二等奖，2011年教育部科技进步奖二等奖，2012年中华中医药学会科技进步一等奖，2013年中华中医药学会科技进步二等奖，2013年度国家科技进步二等奖。同时兼任《Evidence-based Complementary and Alternative Medicine》（SCI收录）审稿专家，《BMC Complementary and Alternative Medicine》（SCI收录）审稿专家。发表文章被pubmed MEDLINE（美国国家医学图书馆资料库）收录24篇，SCI或EI收录13篇。此外，在《中国中医药报》等上发表《咏仲景》《医道》等五言律诗或七言律诗10余首，已经授权国家发明专利3项。

近年来着迷于仲景伤寒学说，笃尊经方，谨守六经，矢志于方证辨证，认为“医之道在乎达权通变，取经方圆机活法用之”。临证恆用经方或经方叠用而治今病，屡愈疑难重症，受到了患者的普遍好评。何庆勇临证之余，笔耕不断，每天坚持早上6点半起床，每晚坚持工作到深夜1-2点，每周坚持工作7天。先后主编或参编学术着作13部。

《经方论治心脑血管疾病》，《经方名医实践录》，《病证结合中医证候学》，《名方名医实践录》《经方叠用》5部总计260余万字，我国着名中医学家、国医大师路志正评价《经方论治心脑血管疾病》说：“该书资料丰富，内容翔实，注重全面突出经方治疗心脑血管疾病的独特经验，对于传承经方法术，弘扬仲景方药，提高心脑血管疾病的诊治水平与临床疗效具有重要的实用价值”。国医大师路志正在94岁高龄时还拨冗为《经方叠用》题写的书名。副主编的着作有《临床综合徵中医治疗学》，《张吉辨治疑难病经验集》2部，我国着名中医学家，中国工程院院士王永炎评价《临床综合徵中医治疗学》说：“该书从中医角度去研究分析，寻找理论及实践的突破口，具有重要的套用价值”。我国着名针灸学家，88岁的中国工程院资深院士程莘农亲自为《张吉辨治疑难病经验集》书题词：“攻克疑难病证之法，济生扶元之术”。参编的着作有《心脏病学实践2010—中西医结合卷》，《心脏病学实践2011—中西医结合卷》，《中医病曆书写基本规範》，《抑郁症中西医诊疗学》，《经典名方在爱滋病治疗中的套用》，《心脏病学实践2013—中西医结合卷》。

2007年9月应邀参加第三届世界中西医结合大会并作大会发言，2008年10月应邀参加第三届世界中医药心血管病学术大会并作大会发言，2009年7月应邀参加《全国中医药博士创新发展学术论坛》作大会发言，2010年9月应邀参加《中国科协第八届博士生学术年会》并作大会发言。2010年11月应邀参加第十二届中国科协年会并在大会上发言。