这段时期的特色是王权崩解分离。即使拉美西斯十一世在位时，第二十王朝正逐渐失去对底比斯的控制，当地祭司的权力则逐渐坐大。拉美西斯十一世死后，继承人思满迪斯一世（Smendes I）从塔尼斯（Tanis，今尼罗河三角洲东北部）统治埃及，而底比斯的阿蒙大祭司赫里霍尔（Herihor）则在拉美西斯十一世末期统治埃及南部，待拉美西斯十一世死后成功攫取底比斯地方的全部权力并自称法老。事实上，这种分裂的意义大于其表面情况所示，因为两方的祭司与法老都是来自同一个家族的。

舍顺克一世（Shoshenq I，《圣经·旧约全书》称“示撒”）于公元前943年将埃及南部底比斯割据势力重新纳入其统治区域，建立第二十二王朝，舍顺克一世的祖先是来自美什维什（Meshwesh，原本来自古利比亚）的移民。埃及因此享有超过一个世纪的稳定，但特别在奥索尔孔二世（Osorkon II）统治时期过后，国家实际上分裂成两部分，嫡系的舍顺克三世（Sheshonk III）在前818年控制了下埃及，而庶孙塔克洛特二世（Takelot II）及其子奥索尔孔（即后来的奥索尔孔三世（Osorkon III））则统治中部和上埃及。在底比斯，塔克洛特二世的继任者皮杜巴斯特一世（Pedubast Ⅰ）宣布塔克洛特二世的继承合理性而开打内战。两股势力持续互斗，冲突要直到奥索尔孔在舍顺克三世在位第39年（前798年）完全击倒对手后方告平息。奥索尔孔着手建立上埃及利比亚王朝（即第二十三王朝），该王朝的统治者按时序为奥索尔孔三世（Osorkon III）、塔克洛特三世（Takelot III）、鲁德阿蒙（Radamun），但这王朝很快就随鲁德阿蒙之死以及当地城邦由各城统治者（如赫拉克利奥波里斯的帕夫乔阿维巴斯太特（Peftjaubast，前754年—前720年在位）、赫尔摩坡里斯的尼姆罗特（Nimlot，前754年—前729年在位）以及底比斯的伊尼（Ini，前755年—前740年在位））起义而崩离瓦解。

南方的努比亚乘此分裂及政治乱局而占尽优势。努比亚统治者卡施塔（Kashta，前760年—前752年在位）在强迫塔克洛特三世之妹、祭师“阿蒙神的崇拜者”舍频维帕特（Shepenupet I）收养他的女儿阿曼尼尔迪斯一世（Amenirdis I）为其继承者的时候，已将努比亚王朝的影响力扩延至底比斯。二十年后，继任的法老皮耶（Piye）约在前732年挥军北上，击败了数股当地埃及统治者的联合军队，这些统治者包括帕夫乔阿维巴斯太特、塔尼斯的奥索尔孔四世（Osorkon IV）、莱翁特坡里斯（Leontopolis）的伊乌普特二世（Iuput II）及塞易斯第二十四王朝的特弗纳赫特（Tefnakht）。皮耶创立第二十五王朝，并委任被打败的统治者为各省总督。再度重新一统的埃及的疆域势力比第二十二王朝全盛时期还大。

皮耶死后由其弟沙巴卡（Shabaka）继位，之后再分别由皮耶的两个儿子沙巴塔卡（Shebitku）及塔哈尔卡（Taharqa）继位。埃及的国际威望经过两个世纪的内乱，此时已大幅下跌。盟友已经牢牢地纳入了亚述的势力範围之内，约自前700年起，问题已经变成“何时”（而不是假如）两方会爆发战争。撇除埃及的版图及财力不论，亚述有较多木材供应，而埃及在这方面则长期匮乏，导致亚述能够生产较多所需木炭作炼铁之用，从而令亚述获得更多铁兵器。亚述国王以撒哈顿（Esarhaddon，前681年—前669年在位）于前670年入侵埃及，这成了两国的关键分野。结果，塔哈尔卡及继承人，其侄坦沃塔玛尼（Tantamani）不时与亚述发生冲突。公元前664年，公元前664年，亚述在新王亚述巴尼拔（Ashurbanipal，前668年—前627年在位）率领下施予最后一击，洗劫了底比斯及孟斐斯，第二十五王朝至此退出了历史舞台。

一些法老，如塔哈尔卡沿尼罗河河谷（包括孟斐斯、卡纳克、卡瓦（Kawa）、博尔戈尔山等地）兴建或重修神庙及纪念碑。第二十五王朝以其统治者撤回至他们的精神故乡那帕达（Napata）为终结。那里（埃尔-库鲁（El-Kurru）及努里（Nuri））的努比亚金字塔是首批在尼罗河河谷的金字塔，兴建时期达数个世纪，埋葬了第二十五王朝的所有法老。那帕达王朝之后是库施王朝，后者于那帕达及麦罗埃（Meroë）发展蓬勃，起码直至公元2世纪为止。

在亚述摧毁努比亚王朝之时，北边的新塞易斯王朝开始兴起。新塞易斯王朝是努比亚王沙巴卡彻底消灭了二十四王朝的残余势力后，由指挥官阿美里斯（Ammeris，前715或713年—前685年在位）接手这一带地方的管理，尼科一世（Necho Ⅰ，前672年—前664年在位）继任后一年遭到亚述入侵而被迫成为附庸，但以撒哈顿的突然去世让尼科一世有了图谋反抗亚述统治的念头，亚述巴尼拔髮现他行为不轨，于是将他抓回首都尼尼微。出人意料的是亚述巴尼拔因不明原因释放了尼科一世而且还厚待之。尼科一世也不忘回报恩德，在与二十五王朝的坦沃塔玛尼交战中阵亡，其子普萨美提克一世在亚述的保护下得以继承其位。

普萨美提克一世比较有心计，先与亚述巴尼拔一道摧毁了第二十五王朝后，趁机壮大自己在埃及的影响力，最后团结所有被亚述压制的埃及地方势力脱离了亚述的控制，成功光复了古埃及，定都塞易斯，建立了第二十六王朝。

普萨美提克一世是第一个被视为统一整个埃及的皇帝，他定都塞易斯，在位54年间为国家带来稳定。其后四位的塞易斯统治者，自前610年至前525年间继续为埃及带来和平繁荣的局面。可惜在近东地区，波斯这股新势力正在壮大。普萨美提克三世继承父亲阿摩西斯二世仅六个月，就必须在培琉喜阿姆（Pelusium）面对波斯帝国的大军。波斯人已经取得巴比伦，而埃及根本就不是对手。普萨美提克三世被打败，然后匆匆逃至孟斐斯，但终难逃被俘虏入狱的命运，之后他在波斯首都苏萨被处死，波斯国王冈比西斯二世继承了法老的正式称衔。

思满迪斯一世（Smendes Ⅰ，前1077年—前1052年）

阿蒙涅姆尼苏（Amenemnisu，前1051年—前1047年）

普苏森尼斯一世（Psusennes Ⅰ，前1047年—前1001年）

阿蒙涅莫普（Amenemope，前1001年—前992年）

长者奥索尔孔（Osorkon the Elder，前992年—前986年）

斯阿蒙（Siamun，前986年—前967年）

普苏森尼斯二世（Psusennes Ⅱ，前967年—前943年）

赫里霍尔（Herihor，前1080年—前1074年）

皮安卡哈（Piankh，前1074年—前1070年）

皮勒杰姆一世（Pinedjem Ⅰ，前1070年—前1032年）

马萨哈塔（Masaharta，前1054年—前1045年，共治）

杰德卡洪苏尔凡克哈（Djedkhonsuefankh，前1046年—前1045年，共治）

蒙克赫普尔（Menkheperre，前1045年—前992年，共治）

思满迪斯二世（Smendes Ⅱ，前992年—前990年）

皮勒杰姆二世（Pinedjem Ⅱ，前990年—前976年）

普苏森尼斯三世（Psusennes Ⅲ，前976年—前943年）

舍顺克一世（Shoshenq Ⅰ，前943年—前922年）

奥索尔孔一世（Osorkon Ⅰ，前922年—前887年）

舍顺克二世（Shoshenq Ⅱ，前887年—前885年）

塔克洛特一世（Takelot Ⅰ，前885年—前872年）

奥索尔孔二世（Osorkon Ⅱ，前872年—前837年）

舍顺克三世（ShoshenqⅢ，前837年—前798年）

舍顺克四世（Shoshenq Ⅳ，前798年—前785年，非二十三王朝的舍顺克四世）

帕米（Pami，前785年—前778年）

舍顺克五世（Shoshenq Ⅴ，前778年—前740年）

皮杜巴斯特二世（Pedubast Ⅱ，前740年—前730年）

奥索尔孔四世（Osorkon Ⅳ，前730年—前716年）

哈尔西斯A（Harsiese A，约前880年—约前860年）

争位期

塔克洛特二世（Takelot Ⅱ，前845年—前820年）

皮杜巴斯特一世（Pedubast Ⅰ，前829年—前804年，共治）

舍顺克四世（Shoshenq Ⅳ，前804年—前798年）

奥索尔孔三世（Osorkon Ⅲ，前798年—前769年）

塔克洛特三世（Takelot Ⅲ，前774年—前759年，共治）

鲁德阿蒙（Radamun，前759年—前755年）

特弗纳赫特一世（Tefnakht Ⅰ，前732年—前725年）

巴肯拉内夫（Bakenranef，前725年—前720年）

皮耶（Piye，前752年—前721年）

沙巴卡（Shabaka，前721年—前707年）

沙巴塔卡（Shebitku，前707年—前690年）

塔哈尔卡（Taharqa，前690年—前664年）

坦沃塔玛尼（Tantamani，前664年—前656年）