是使用最广泛的缓冲系统。其特点是超螺旋在其中电泳时更符合实际相对分子质量（TBE中电泳时测出的相对分子质量会大于实际分子质量），且双链线状DNA在其中的迁移率较其他两种缓冲液快约10%，电泳大于13kb的片段时用TAE缓冲液将取得更好的分离效果，此外，回收DNA片段时也易用TAE缓冲系统进行电泳。TAE的缺点是缓冲容量小，长时间电泳（如过夜）不可选用，除非有循环装置使两极的缓冲液得到交换。配製时一般配製50×TAE Buffer ，用时再稀释。

50×TAE Buffer配製方法：1。称量Tris 242g，Na2EDTA.2H2O 37.2g于1L烧杯中；2。向烧杯中加入约800ml去离子水，充分搅拌均匀；3。加入57.1ml的冰乙酸，充分溶解；4。用NaOH调pH至8.3，加去离子水定容至1L后，室温保存。使用时稀释50倍或100倍 即1×TAE Buffer 或 0.5×TAE

TBE的特点是缓冲能力强，长时间电泳时可选用TBE，并且当用于电泳小于1kb的片段时分离效果更好。TBE用于琼脂糖凝胶时易造成高电渗作用，并且因与琼脂糖相互作用生成非共价结合的四羟基硼酸盐複合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收电泳中使用。

TPE的缓冲能力也较强，但由于磷酸盐易在乙醇沉澱过程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的电泳中使用。