比利时和德国殖民时期，外来殖民者选择肤色较浅、鼻樑较高的人群作为统治阶级，称为图西族。在殖民主义消失后，胡图族掌握了卢安达的政权，开始对图西族进行报复。与此同时，在蒲隆地当权的图西族也对胡图族进行了种族清洗。1990年图西族成立开始进行颠覆政府的活动，随后两族对立导致了胡图族政府开始操纵卢安达大屠杀，上百万名图西族人被杀。图西族的卢安达爱国阵线最终联合邻国乌干达军队成功夺取政权。

胡图和图西两族分别占卢安达全国人口的85%和14%，前者讲法语,以农耕为生；后者讲英语和斯瓦希利语,从事游牧业。1994年4月,卢安达的胡图族哈比亚利马纳总统和蒲隆地总统一起乘坐的飞机在卢安达首都机场上空被击毁,两位总统双双遇难。

从此,卢安达爆发了长达4个月的大屠杀和武装冲突。根据国际红十字会估算,在短短100多天里,卢安达700多万人口中有近80万人被杀，400万人无家可归，其中200万人逃往国外，酿成了世纪罕见的灾难。这次仇杀的被害者大多为图西族人，不仅如此，胡图族屠杀者对主张民族和解的本民族同胞同样滥杀。

此前20年时间，两族间就曾发生过3次较大的武装冲突(1959年、1963年和1973年)。卢安达邻国蒲隆地的民族问题也与其相似，胡图族与图西族分别占全国人口的85%和13%，两族间也多次发生大规模的流血冲突和军事政变，造成数十万人丧生，上百万人沦为难民。

卢安达大多数刽子手使用的杀人兇器不是枪炮也不是毒气，而是他们在田间劳作时所用的砍刀、木棍、锄头或其它农用工具。在胡图族极端分子的宣传中，卢安达国家被比喻为一个大花园，胡图人极端分子在其中享受着其追随者们“割掉莠草”、“砍倒高树（成年人）”和“树芽（孩子们）”惨绝人寰的“乐趣”。

现代的Y染色体的遗传研究表明，密切的种族的胡图族和其他邻近的班图族人民，特别是图西族之间的血缘关係。像图西人的胡图族主要属于E1b1a单倍型类群（83%），这与从西部非洲的班图人扩张。少数人进行的E2（8%），B（4%），E1b1b（3%）和R1（1%）的分支。

1890年到1918年时卢安达为德国的殖民地，1918年到1962年为比利时的殖民地。少数民族图西族（约18%）始终统治着占约80%左右人口的胡图族。在比利时人离开后，政权交还给占多数人口的胡图人。在1962年卢安达独立后，政府也未妥善处理民族之间的对立问题。在20多年的时间里，卢安达政府一直对图西族实行种族歧视政策。在大屠杀前的三年里，国家控制的媒体甚至把图西族人视同为国家的敌人，大力加以挞伐和煽动，引起图西族人的恐惧和仇恨。一家受到党政军多名要人支持的RTLM广播电台在大屠杀前九个月，宣传对图西族人的仇恨，甚至公开宣布须被处决的名单。

蒲隆地于1962年7月1日获得完全独立。图西族国王（Mwambutsa IV Bangiriceng)建立君主立宪制。但却在1966年时由军人出身的首相罢黜了原本的王子（他才刚篡位没有多久），开始进入军人独裁执政的时期。1972年4月下旬至9月，估计有20万至30万胡图族人被杀害，约30万人成为难民。1976年让-巴蒂斯特·巴加扎上校在一场不流血政变中的上台。虽然巴加扎领导的是以图西族为主的军事政权，但他鼓励土地的改革，选举制度改革和民族和解。1984年巴加扎作为唯一的候选人，当选为国家元首。这种少数民族占高位的不正常社会结构埋下国家不稳定的恶种，并且在1993年10月时到达最高峰。那时刚上任才四个月、蒲隆地有史以来第一位胡图人身份的元首，也是首任民选总统的梅契尔·恩达达雅（Melchior Ndadaye），遭到主要是胡图族极端分子中政府高官暗杀。恩达达雅的死，导致全面性的种族冲突，在这场种族冲突中至少有二十万的双方人口遭到屠杀，而当中原来有人口6.5万的图西人被屠杀至剩下5000人不到。

截至2006年，胡图族和图西族之间的暴力事件已经平息，但在卢安达和蒲隆地的局势仍然紧张，数十万卢安达人仍然生活在国外（见大湖地区的难民危机）。