卢安达航空的总部设在基加利国际机场，主要经营非洲南部和东部的航线服务。航空公司成立于2003年，并在丹麦马士基航空公司租赁了1架波音737-500飞机。2004年5月，那架波音737-500飞机被马士基航空公司回收。然而在2004年6月，卢安达航空向非洲捷特航空租赁了1架麦道MD-32飞机。这架飞机因为技术问题，被勒令禁止从荷兰上空飞行。因此卢安达航空公司将飞机该租衣索比亚航空的庞巴迪Dash 8飞机。2004年4月，卢安达航空公司从马拉威航空公司租赁了1架波音737-500飞机，但是这家飞机已经停飞了。在2009年4月，卢安达航空公司宣布和布鲁塞尔航空公司代码共享，并在9月也和衣索比亚航空公司签署了代码共享协定。