经过蛋白酶结构体的降解，蛋白质被切割为约7-8个胺基酸长的肽段;这些肽段可以被进一步降解为单个胺基酸分子，然后被用于合成新的蛋白质。需要被降解的蛋白质会先被一个称为泛素的小型蛋白质所标记。这一标记反应是被泛素连线酶所催化。一旦一个蛋白质被标记上一个泛素分子，就会引发其它连线酶加上更多的泛素分子。