在许多流亡的英国保王派同乡的影响下,霍布斯决定撰写一本书以阐述政府的重要性、和政治混乱所造成的战争。全书架构是根基于1640年所写的一篇未发表的论文上。在霍布斯看来,国家就像一个伟大的巨人或怪物(利维坦)一般,它的身体由所有的人民所组成,它的生命则起源于人们对于一个公民政府的需求,否则社会便会陷入因人性求生本能而不断动乱的原始状态。全书以一篇「回顾与总结」作终,霍布斯总结道人民无论如何都不能违背与国家签下的社会契约,然而,霍布斯也讨论到了当利维坦无法再保护其人民时,这个社会契约便会等于无效。由于当时英国的局势纵容对于宗教教条的批判,霍布斯的理论也因此更无所忌讳。利维坦的初版名为Elementa philosophica de cive。
在1666年,英国下议院通过了一项对所有无神论者和“不敬神者”不利的法案,这时国王查理二世再次保护了霍布斯免受迫害。当时霍布斯的利维坦被视为是无神论和亵渎的代表作,霍布斯很担心会被贴上异教徒的标籤,于是他烧掉了许多可能会对自己不利的文稿。这次危机也使霍布斯开始检视异端的真相,他将研究结果集合于三篇简短的论文上,并将其收录至Appendix to his Latin translation of Leviathan一书里,于1668年在阿姆斯特丹出版。在这几篇论文中霍布斯指出,除了违反尼西亚信经以外其他的理论都不能被视为异端,并且主张《利维坦》一书仍然符合尼西亚信经的原则。
在回到英国之后,霍布斯重新开始进行他的哲学原理研究。他在1654年出版了De Corpore,同年也发表了一篇短论文Of Liberty and Necessity,由一名与霍布斯熟识的主教约翰·布兰豪(John Bramhall)出版。布兰豪是一名忠诚的阿米纽教派信徒,他在认识霍布斯之后便经常与之辩论,两人以书信私下往来的方式进行辩论和交换意见,不过霍布斯并没有公开这些信函。后来一名霍布斯的法国友人偶然间发现了一封霍布斯回信的抄本,便将其公开出版并附上“豪华的讚美言词”。布兰豪对此相当不满,于是在1655年将所有两人来往的书信都公诸于世(以A Defence of the True Liberty of Human Actions from Antecedent or Extrinsic Necessity为标题出版)。接着霍布斯在1656年写下了“论点石破天惊”的Questions concerning Liberty, Necessity and Chance回复主教,这封信或许是第一篇详细阐述了决定论的心理学原则的档案,霍布斯的理论也成为了自由意志争论的历史中重要的一部分。主教在1658年以一篇Castigations of Mr Hobbes's Animadversions回复,不过霍布斯并没有注意到这份回复。
与沃利斯
除了与布兰豪的争论外,霍布斯自从于1655年出版De Corpore开始也与其他学者产生不少冲突。在《利维坦》中他挑战了当时的学术界。在1654年,牛津大学的天文学教授塞思·沃德(Seth Ward)在一篇名为Vindiciae academiarum的文章中回复了霍布斯对于学术界的挑战。霍布斯在De Corpore哲学原理中的许多错误—尤其是在数学上的错误也招致了几何学教授约翰·沃利斯的批评。沃利斯在1655年出版的Elenchus geomeiriae Hobbianae中详细解释了霍布斯哲学原理的错误,他批评霍布斯以逻辑推理的方式作为数学演算的主轴,并揭露了霍布斯在数学上的许多漏洞。由于霍布斯在演算上缺乏精确的计算,造成他经常使用证据不足的假设来解决原理的问题,由于他的兴趣只限于几何学上,因此他对于数学的整体领域并没有很清楚的概念。这些问题都使得霍布斯的哲学原理遭受大量批评。最后霍布斯在1656年发行英文版本的De Corpore时便删除了一些被沃利斯揭发的严重错误,但他仍然在1656年的Six Lessons to the Professors of Mathematics一系列文章里反驳沃利斯的批评。沃利斯接着写了一篇论文反驳霍布斯的论点,并趁着霍布斯发行De Corpore英文译本的期间继续批评他在数学上的错误,霍布斯则以数篇论文反击。但沃利斯轻易的以一篇回复(Hobbiani puncti dispunctio, 1657)击倒霍布斯的论点。最后霍布斯拒绝再回复沃利斯,两人的争论暂时停息。
霍布斯在1658年发表了他的哲学原理的最后一个部分,将他已经计画二十年之久的整套原理加以总结。他在De Homine一书里阐述了整套原理的运作,这套哲学原理也与他在政治哲学上的主张相连。同时期沃利斯则发表了微积分的一般原理(Mathesis universatis, 1657)。这时研究工作已经告一段落的霍布斯决定再度挑起争论,他在1660年春季再度发起攻势,将六篇论文以Examinatio et emendatio mathematicae hodiernae qualis explicatur in libris Johannis Wallisii为标体出版,批评当时新的数学分析方式。不过这次沃利斯并没有上当,选择沉默以对。霍布斯接着试着提起另一个古老的数学问题—加倍立方体问题(Doubling the cube),他私下从法国一位匿名人士信中得知了问题的解答,试图以这个问题混淆他的批评者。但很快的沃利斯便公开的驳倒了这个解答。霍布斯在1661年底重新以拉丁文出版了这一系列论文(并稍微修改之)并加上替自己辩护文章,在这本名为Dialogus physicus, sive De natura aeris的书中霍布斯还攻击了罗伯特·波义耳及其他沃利斯的朋友。这次霍布斯改变一贯论调,主张波义耳等人的实验纪录—1660年的New Experiments touching the Spring of the Air只不过是证实了他早年提出的推测理论,他并且警告这些新生代的“学者”必须接手他早年未完成的研究进度,否则既有的实验结果便会毫无进展。然而波义耳等人很轻易的便驳倒了这种站不住脚的批评,紧接着沃利斯写了一篇名为Hobbius heauton-timorumenos(1662)的讽刺作品来挖苦霍布斯。在这次惨痛教训之后霍布斯便不再参与科学界的争论了。
几何学
在经过一段时间的沉寂后,霍布斯又开始了他人生中第三阶段的争议行动,并且一直维持至他九十岁为止。第一份引发争议的文章是在1666年发表的De principiis et ratiocinatione geometrarum,霍布斯以此攻击当时的几何学界教授。三年之后他将他的三篇数学论文集中于Quadratura circuli, Cubatio sphaerae, Duplicitio cubii发表,很快的这些文章再度被沃利斯驳倒,但霍布斯仍不放弃,又出版了回应批评的版本,但沃利斯仍在当年年底再次驳倒新的版本。这一系列的争论一直要维持至1678年为止。
思想主张
《利维坦》
《利维坦》一书写于英国内战进行之时。在这书中霍布斯陈述他对社会基础与政府合法性的看法。在人类的自然状态下,有一些人可能比别人更强壮或更聪明,但没有一个会强壮到或聪明到不怕在暴力下死亡。当受到死亡威胁时,在自然状态下的人必然会尽一切所能来保护他自己。霍布斯认为保护自己免于暴力死亡就是人类最高的必要,而权力就是来自于这种必要。在霍布斯所描述的“自然状态”(state of nature)下,每个人都需要世界上的每样东西,也就有对每样东西的权力。但由于世界上的东西都是不足的,所以这种争夺权力的“所有人对所有人的战争”便永远不会结束。而人生在这种自然状态下便是“孤独、贫困、污秽、野蛮又短暂的”(xiii)。霍布斯的墓