黑（黒<ヘイ>）
被称为“黑之死神”，武艺高超，能自由操纵电流的契约者，梅西耶编号BK201。“东京大爆炸”以来叛离了组织，和银一起踏上漂泊之路。虽不断遭遇各方势力的追杀，但为了解决新出现的“黑花”携带者·哈维斯特而暂时逗留在东京。救下了黑花的受害者月森梓，并与潘朵拉一行人暂时结盟，击败了“组织”的觉醒者部队。最终杀死事件元兇哈维斯特之后，同银远走高飞。

银（银<イン>）
伴随着黑的北欧目盲少女，以水为媒介操纵观测灵的Doll。在黑的后方提供情报支援。比起小队同伴时期，和黑的关係变得大为亲近。不时表现出对他的依存感。中途开始出现观测灵人形化的徵兆，并有数次隐晦的反常表现。在决战存亡之际，给予了黑关键性的支持，使他得以击败哈维斯特。

哈维斯特（Harvest ハーヴェスト）
梅西耶代号HV117的契约者，能力是物质分解，代价是吞咽丸状物体。本名马修·埃德纳。据信早已死亡，实际却被“黑花”寄生，并在东京大爆炸中从潘朵拉逃出。不断为黑花寻找宿主，引起了黑的注意并遭后者追杀。曾在南美被琥珀重伤，对她的轻蔑耿耿于怀而誓要破坏琥珀所见的未来。极力否定人类，声称要消灭世间的“不合理性”，以见契约者和人类孰优孰劣。在同黑的最终决战中，力量被反转，自我销蚀而死。

月森 梓
水丘女子高中学生，排球部成员，个子不高但弹跳力极佳。和教练实冈大助师生恋，却发现自己被其玩弄感情。为了报复而接受哈维斯特的引诱，在身上种植黑花成为“觉醒者”。是首个觉醒后仍然存活的特例。她的花也因此被夺去用于觉醒物质的提取。自己力量随花丧失。关于已死好友的记忆被黑花夺去，用以复活成形。为了取回记忆而随黑身临战场，最终得以渡化黑花，解开心结。之后向警方自首。

黑花契约者（黒い花の契约者）
能力是以黑色蒲公英来操纵别人的契约者。代价是自身的存在被人遗忘。因在“门”内偶然拾到流星碎片，力量失控而被花同化，不但丧失人形，亦忘记了自己的过去。直到被潘朵拉的科学家发现并移植到哈维斯特身上，才得以重见天日。关于他/她的一切资料也未得保存，仿佛从未存在于世上。为了重新成为一个独立的存在而同哈维斯特合作。哈维斯特帮它寻找宿主，而自己承诺帮哈维斯特散布黑花，使全世界人类变为觉醒者。吞噬了月森梓对好友响子的思念和记忆，经过江藤博士培养，终于以“响子”的身份复活成人，并携带当年拾到的流星碎片。在故事结尾，流星碎片被梓打落而丧失力量，随着梓的记忆复原，黑花自身终归于虚无。

雾原 未咲
公安部外事四课课长。接手连续离奇杀人案件以来，逐渐深入到与哈维斯特和黑花相关的调查中。发现BK201仍然徘徊于此地后，亦抓住一切机会来追蹤他的身影。于结尾利用施洛德博士提供的装置破坏了失控的流星碎片，阻止了灾难性的事态。

柳 一世
公安部代理部长。由外务省派遣接任被解职的宝来部长之职，监视外事四课的运作。表面作风慵懒，实际头脑清晰。在四课抓捕哈威斯特的行动失败后，向雾原传达了上层要解散四课的决定。

斋藤 雄介
雾原未咲的部下，32岁。身材高大，工作认真有干劲而缺乏灵活。倾慕于未咲，但没有勇气告白。

河野 丰
雾原未咲的部下，28岁。染一头黄髮，相对显得轻浮散漫。常和斋藤一起搭档。

松本 邦夫
雾原未咲的部下，52岁。因最年长而受到未咲在内的四课成员尊称。老练稳重，自称年轻时是文学青年。在抓捕哈威斯特的行动中失去左臂，而后决定退休。

大冢 真由
雾原未咲的部下，25岁。负责四课和天文台之间的联络工作。私下是热衷动漫的腐女子，以“MAYUMAYU”的笔名在网上发表“蔷薇之莫里斯”的同人创作。对三次元的男性缺乏兴趣。曾有一次在赏樱后遭遇黑，并迷上他的锁骨。后来这段记忆因意外而消除。

帕赛尔（パーセル）
潘朵拉的契约者，戴着动物耳朵头套（代价）和圆形眼镜的小女孩。能力是本人允许的空间移动。因身为契约者被父母嫌弃，5岁时离家出走，被潘朵拉收容。不喜拘束而多次出逃。在潘朵拉内结识了强普，与后者成为伙伴。在被觉醒者部队围剿过程中负重伤，但仍然手刃了杀害朋友的仇敌。后被转往警察医院看护。

强普（チャンプ）
帕赛尔的同伴，接受了身体强化改造的Doll，体型巨大的大汉。观测灵媒介是草。原本是D兵器计画的试验品，计画搁置后本应被废弃，但在帕赛尔的请求下得以避免。“强普”这个名字也是帕赛尔所起。为掩护帕赛尔和银，超负荷运转致过热而死。

米娜·坎达斯瓦密（ミーナ‧カンダスワミ）
潘朵拉研究员，曾在某任务中与黑有过接触并对他抱有好感。“黑花”研究项目的最初发起者，并首先发现了觉醒物质。因抵制滥用黑花所带来的危险，遭其他人排挤出了研究项目。被麦克斯雷枪杀。

谢尔盖·维克托洛夫（セルゲイ・ヴィクトロフ）
潘朵拉主任研究员。身为主管，掌握着“黑花”及哈维斯特相关的内幕。为避免灾祸的扩大化而向公安和黑两方面提出了协力请求。面对麦克斯雷的威胁，拒不合作而被枪杀。

罗伯特·施洛德（ロバート・シュレーダー）
曾参与开发反契约者武器与建造土星环的“门”领域权威物理学家。自从土星环计画失败后，处于被软禁在研究所内的状态。向雾原提供了谢尔盖·维克托洛夫开发的反门粒子照射装置，令她得以化解危机。

西岛
西岛集团总帅，埃里克・西岛之父，“组织”的激进派人物。主导黑花计画并将觉醒者投入实战以对抗契约者。计画破产后遭到哈维斯特反扑，险些丧命。

雷纳德·麦克斯雷（レナード・マクスレイ）
有“铁男人”称号的佣兵部队将军，西岛的同道及协力者。“组织”内最积极的黑花计画推动人。以强硬的反契约者立场着称。南美天国战争时代，他手下的部队没有一个契约者成员。是当时将黑培养为拔尖战士的人。亲自率领觉醒者部队围剿黑和潘朵拉一行人。被帕赛尔的能力送至极限高空，坠海而死。

阿比吉尔・克罗夫特（アビゲイル・ケロフト）
西岛手下的女性契约者。能力是干扰对手的知觉，代价是舔别人的颈或脸。在本部遭受哈维斯特围攻之时，为求自保而与黑等人结盟。

贝利（ベイリー）
麦克斯雷手下的觉醒者突击部队队长。觉醒等级4，能力为“超感知”，拥有超出人类範畴的敏捷度和反应力。在同黑的战斗中一度处于压倒优势，但最后被对手使出物质变换能力而打倒。

江藤
“黑花”项目的研究员之一，帮助西岛推进黑花计画的疯狂科学家。不顾一切地沉醉于黑花的培养，结果死于自己的“创造物”之手。

实冈 大助
水丘女子高中排球部教练。花花公子，玩弄了包括梓和响子在内的许多女性。为堵住梓的嘴而设计害之，最终却被暴走的梓杀死。

响子
水丘女子高中学生，梓的好友。大助的亲戚，同时也是他的女友之一。和梓一样接受了黑花的移植，并因为大助而同梓争执，不幸捲入黑和哈维斯特的战斗中身亡。

石崎 香那美
雾原未咲的好友，原国立天文台主任。在天文台资源以东京大爆炸中的疏漏之名被接收后，引咎辞职，去了夏威夷的观测所。

琥珀（Amber アンバー）
于“东京大爆炸”消逝于“门”内的EPR领袖，操纵时间的契约者。因为看到过关于哈维斯特的未来，而预先给黑留下了提示。在南美天国战争中率领着最强的一群契约者。黑是她的部队裏唯一一个人类。