深溪，《墨子·明鬼下》：“虽有深谿博林、幽涧毋人之所，施行不可以不董。”《荀子·劝学》：“故不登高山，不知山之高也；不临深谿，不知地之厚也。” 汉 王褒 《碧鸡颂》：“深谿回谷，非土之乡。”

由于多年来未有人涉足，使这里形成了植物、动物的天然保护伞。是莆田生物多样性地区之一，林海茫茫，遮天蔽日，千姿百态，互比傲姿。有高等植物一百余种，其中属国家一、二级野生植物有珙桐、光叶珙桐等，天然野生花卉植物100余种，其中枫树在区内成群分布。这里是天然的药园和动物园，药用植物800多种，脊椎动物十几种，鸟类64种，爬行类19种，两栖类18种，此外还有各类昆虫百余种，极富观赏价值。深溪位于两个山耸中间，群峰高耸，层峦叠峰，幽谷深澈，各种岩壁，千姿百态，有的鹰嘴，有的湾若牛角，有的直如笔桿，形成了如一线天、鹰嘴山、水缸塘等独特的自然景观。深溪溪沟纵横，多样的地形地貌使区内水景丰富多姿，多个瀑布点缀在万绿丛中。

深溪地貌属于山地丘陵类型，海拔20~600m，多数在500m以下。气候属亚热带海洋性季风气候，同时具有明显的山地丘陵气候特点。多年平均气温18.9℃，年平均降水量1500mm。土壤多为黄红壤、红壤、黑壤土等，土层较厚。深溪内有1条较大的溪流，其间形成众多的瀑布、深潭等景观。当属最着名的水瓮塘，四壁岩石，溪流沿着岩壁飞泄而下，形成了一道亮丽的风景线。