一个现代人盗墓发现了西门庆的墓，奇蹟般穿越到明朝变成了西门庆，在明朝见证了原来武大郎并不是矮矬穷，三寸丁，而是阳穀县县令，潘金莲也非水性杨花，而是贤妻良母。武大郎从小家中受灾父母双亡，被潘金莲父亲收留，从小和潘金莲青梅竹马，长大后私定终身，被潘父发现将武植逐出潘府后被黄堂收留并资助武植考取功名任阳穀县令后与潘金莲终成眷属。黄堂家中受灾去投靠武植，由于公务繁忙怠慢了黄堂，黄堂以为武植忘恩负义，又经西门庆挑唆诋毁武大郎和潘金莲，使其臭名远扬，谁知武大郎早已为自己修好房屋，安置好妻子，失手打死西门庆被发配充军，此时又穿越回到现代。

由于多年来武大郎、潘金莲受影视作品和历史小说所困扰，导致当地武、潘两姓族人至今不通婚。该片为了还原历史上最真实的潘金莲与武大郎，耗费两年时光打磨剧本，製作团队亲自前往河北清河县採访武家和潘家后人。

该片由河北清河县文化局副局长戴恩辰，潘氏宗亲会会长潘福顺，武大郎第二十五代嫡孙武殊常担任历史顾问，根据历史文献和讲述改编而成。

电影《大明奇冤》于2016年8月28日在浙江横店开机拍摄。