上海至南通铁路南通西站工程由中国中铁建工集团承建，总建筑面积51980平方米，其中：站房面积15980平方米、雨棚面积36000平方米，工期：413个日曆天，契约总造价5.04亿元，施工範围包含平东站範围内房屋建筑及配套工程、雨棚等站场设备工程；代建南通市轨道交通1号线穿越沪通铁路南通西站土建及站房配套工程等内容。南通西站是国家建设的“四纵四横”快速客运通道中沿海铁路上的车站，也是国家综合运输大通道上的车站，其战略意义非常重要。定位是长江北翼的大型综合交通枢纽、是南通西部新城的主要组成部分、南通城市的标誌性形象门户。

南通轨道交通1号线南通西站站位于通州区平潮镇境内。捷运的南通西站站与国铁的南通西站採用“垂直正交”的设计，以方便乘客实现零距离换乘。由于南通西站站位于南通西站下方，出于精确实现高铁“零沉降”的要求，也出于施工组织顺畅、科学、合理的考虑，南通西站站的地下设施，已经与国铁、高铁的南通西站同步实施，截至2018年7月，捷运南通西站已实现地连墙围合。

为了发挥多种交通方式的叠加效应，南通城市轨道公司对西站所在的片区站点进行了最佳化设计。

轨道交通1号线一期工程共有7个标段，西站所在的标段叫01标段。这个标段包括出入段线-平潮站-南通西站站（不含）-集成村站，共2站3区间。

捷运南通西站站为地下二层岛式车站，有效站台宽度13m，标準段车站宽度21.7m，车站长度213.2m，车站站厅层位于地下一层下沉广场内。车站站厅层位于地下一层下沉广场内，并与两侧地下车库相连线。车站设定2个战时人防出入口，1个消防出入口，4组风亭。