有时会被称为“鹿儿岛新干线”的九州新干线鹿儿岛线（鹿児岛ルート）连结位于九州北部的福冈（博多站）与位于九州最南端的鹿儿岛（鹿儿岛中央站）两大都会区，是一条全线皆采新干线规格（1435mm标準轨）路线的高速铁路。2004年3月13日南段新八代到鹿儿岛中央间开始营运，而北段博多到新八代间的未通车路段，则以行驶于原本鹿儿岛本线上之列车（L特急“接力燕号”）接驳，并以新八代车站作为接驳点。目前通车的南段沿线多山，百余公里的路线上隧道就占了七成的里程，除此之外纵坡度大对于行驶车辆的加速度要求高也是一项特色，为此，九州旅客铁道捨弃了新干线系统原本既有的各种车型，而以西日本旅客铁道的新干线700系电力动车组为基础改良，开发出九州新干线专用的新干线800系电力动车组，2011年3月12日，九州新干线全线通车，接力特急停止运营。

新干线800系电力动车组

鹿儿岛线全线共设有12个车站，基本资讯如下：

路线距离：博多～鹿儿岛中央间288.9公里

轨距：1435mm

複线区间：全线複线

电气化区间：全线电气化（25,000伏特/60赫兹交流电）

新干线800系电力动车组

运行最高速度：260公里/小时

安全装置：数位自动列车控制装置（KS-ATC）。与东北新干线採用的DS-ATC系统不大相同，九州新干线所採用的系统与东海道新干线的ATC-NS规格相同。

机车调度场：川内新干线车辆中心（川内新干线车両センター）

路线维修基地：出水

行控中心：博多综合指令中心（博多総合指令センター ）

使用车型：九州旅客铁道的新干线800系电力动车组，西日本旅客铁道的新干线N700系电力动车组S1编成(新大阪至鹿儿岛中央直通列车使用)

西九州线（长崎线）

在国土交通省原本的整被计画中原称“九州新干线长崎线”（长崎ルート）的这条新干线路线，在2005年10月时被路线通过地区的地方政府（佐贺县与长崎县）自行改称为“西九州线”（西九州ルート），而九州旅客铁道为了因应配合也以括弧附注的方式改称为“西九州线（长崎线）”。相对于全线皆采新干线规格新建的鹿儿岛线，连结福冈与九州西部大城长崎的西九州线，在规划上显得比较複杂些。西九州线是条以原本在来线部分区间路段（包括长崎本线与佐世保线）配合上新建设的新干线路段（武雄温泉～谏早）混和而成的新路线，因此可能是第一条锁定以轨距可变列车（Free Gauge Train）作为运行主轴的新干线。总长约147公里的西九州线分配的方式如下：

九州新干线

博多 ～ 新鸟栖：与鹿儿岛线共享路线（新干线），区间里程约26公里。 新鸟栖：进行轨距变换由新干线的标準轨转换成在来线的窄轨模式。

新鸟栖 ～ 武雄温泉：使用在来线轨道，区间里程约51公里。包括：

新鸟栖 ～ 佐贺 ～ 肥前山口：沿用稍事改善过线型的长崎本线轨道。

肥前山口 ～ 武雄温泉：沿用稍事改善过线型的佐世保线轨道。

武雄温泉：进行轨距变换，由在来线转换为新干线。

九州新干线

武雄温泉 ～ 嬉野温泉 ～ 新大村 ～ 谏早：行驶于新修筑的新干线路线上，区间里程约45公里。

谏早：进行轨距转换由新干线转换为在来线。

谏早 ～ 长崎：沿用稍事改善过线型的原长崎本线路线（但也可能规划修筑新的新干线路线），区间里程约25公里。

根据日本的法律，新干线新线的开发必须先获得平行的在来线沿线各个自治体（地方政府）的同意，才可以开始建设。但是，由于新路线通过的地区与原本的长崎本线并不相同，因此当西九州线通车时，势必会将原本往来于长崎本线的人潮导引至其他地区，或甚至改为第三部门铁道（第三セクター鉄道）的方式营运，有减弱沿线市镇竞争力的疑虑，因此，佐贺县的江北町与鹿岛市两个自治体迄今（2006年4月）尚未同意新干线的开发，导致纵使第一期工程（武雄温泉～谏早）的预算早已拨下，但却迟迟尚未开工的情况。

※关于九州新干线西九州线的路线规划，请参考长崎县官方网站上的路线图。

各个站台的样式

配线分类
2面4线
2面3线
2面2线
3面6线
2面4线（终着駅）

构内図

该当駅
新鸟栖駅・熊本駅
筑后船小屋駅・新水俣駅
久留米駅・新大牟田駅・新玉名駅・
新八代駅・出水駅・川内駅
博多駅
鹿児岛中央駅

行驶于九州新干线鹿儿岛线上的燕号列车。由于鹿儿岛线沿线多山纵坡度变化大（尤其是已通车的南段），九州旅客铁道放弃了直接採用其他地区原有车种，而以隶属于西日本旅客铁道的新干线700系电力动车组7000番台，也就是光号铁道之星（ひかりレールスター，Hikari Railstar）所使用的车辆为基础，进一步开发出专用的新干线800系电力动车组，以六辆一列的编成（编组）方式行驶，但在博多～鹿儿岛全线通车后，会视需求检讨是否增加为八辆编成或维持原样。

新登场列车採用了公开徵选的方式来决定命名，原本投票排行第一的“隼人”（はやと，Hayato，九州男子的代称）因为发音与已经实际在运行的东日本旅客铁道行驶于东北新干线上的列车“疾风”（はやて，Hayate）过于接近，因此被放弃而改用了排行第三的“燕”（つばめ，Tsubame，燕子是九州的象徵鸟类）。自战前（1930年）东海道本线上的超特级列车开始，这是日本铁路系统第五辆使用了相同命名的列车，其中第四代的燕号特急列车与第五代同样都是属于九州旅客铁道管辖，是1992年到2004年间行驶于鹿儿岛本线上的特快车。2004年3月时第五代燕号登场，但第四代并没有真正功成身退，而是化身为L特急列车“接力燕号”（リレーつばめ，Relay Tsubame），负责九州新干线鹿儿岛线北段（博多～新八代）尚未完工前，作为燕号新干线列车的接驳车，行驶于两地间的鹿儿岛本线上。两列列车采同时停靠于新八代车站内同一月台的方式，方便往返的旅客快速接驳。

目前在新八代与鹿儿岛中央之间每小时有两班列燕号车往返，而快速列车（不停靠川内）与每站皆停的慢车则为每小时发车各一班（早上与傍晚时段每站皆停列车会增发为每小时两班），并存在有几列全线皆不停车的超级快速列车。全线通车后，则预计会将班次表改为博多～熊本间每小时四班，熊本～鹿儿岛间每小时两班。为了配合到时列车班次的增发，博多车站内也在进行扩建新干线路线与月台的工程。

九州旅客铁道原本预估九州新干线开业后的第一年会有约250万人次来搭乘，但实际上的统计数字却高达322万8884人，尤其是居住在萨摩地区（鹿儿岛市周边）的使用者占大多数。相比之下，包括熊本市在内的一些沿线市镇由于搭乘里程较短，无法明确看出新干线相对于路面运输的优势，而比较不受重视。

西九州线（长崎线）

与鹿儿岛线不同，计画中的西九州线将采标準轨的新干线与窄轨的在来线交错使用的轨道配置，因此将会使用还在开发中的轨距可变列车，目前西日本旅客铁道、九州旅客铁道与四国旅客铁道正以新干线下关保守基地（车辆保养维修厂）与九州东北部的小仓工厂为中心，以山阳新干线、日丰本线（九州）与予赞线（四国）的部分路段进行轨距可变列车的实际行驶测试。而鹿儿岛本线也在新八代车站设有轨距变换装置，预计在2006年（平成18年）末购入新型车辆实际进行测试。

根据2005年12月时公布的营运计画，行驶于新干线西九州线与长崎本线上的列车班次的规划如下：

博多车站 ～ 新鸟栖车站 ～ 武雄温泉车站 ～（经新干线西九州线）～ 长崎车站：每日32班往返，使用轨距可变列车行驶。

博多车站 ～ 新鸟栖车站 ～ 武雄温泉车站 ～（经佐世保线）～ 佐世保车站：每日16班，使用在来线特急列车行驶。

原本由长崎车站与佐世保车站分别发车、并且在肥前山口车站会合后串连行驶的特急列车“鸥”与“绿”，将会在新干线西九州线通车后不再串连运行。

为了取代取消了的串连行驶，博多车站与肥前鹿岛车站间将会加发每天五个往返的在来线区间特急列车。