佛祖寺位于宝顶山古佛岩山顶，是研究宝顶石刻历史渊源的重要佛教史迹，是佛教徒从事宗教活动的重要场所，现又成为大足石刻的旅游景点之一。

佛祖寺在南宋绍兴年之前名叫古佛岩，仅为一座小寺庙，庙中供奉一尊3米多高的唐代雕刻的古佛像。南宋绍兴年间因大风雨而垮塌，将独自坚守在庙中已80多岁的老和尚压死其中。南宋高僧，大足石刻的创始人赵智凤为纪念"人在小庙，却心繫众生"的师父，重建了寺庙，并扩大其规模，将庙宇的名称该为"佛祖寺"，并亲笔题写了"佛祖寺"三字，刻成匾额高挂于大殿正门之上。

南宋时，元兵南下入川，兵燹宝顶山寺庙，佛祖寺也难逃劫难，寺庙被毁，寺中着名的石刻佛像遭损坏，露天而坐，忍受着凄风苦雨，烈日风霜的煎熬。清朝嘉庆九年佛祖寺住持僧人庆云法师重修佛像并塑为金身。

文化大革命中，“破四旧”的狂风恶浪再次席捲佛祖寺，寺中大殿遭拆毁，佛像被破坏，做佛事的锣、鼓、铜钟均不知去向，庙地被拆来修成了村小。改革开放后，落实了宗教政策，2002年当地的居士和信众发心集资把弥勒殿简单的修建起来，2004年重庆居士把能勇法师请来主持，在能勇法师和各位居士信众的努力，和在县委政府的支持下，2004年9月30日正式开放为宗教活动所，并举行了恢复重修大雄宝殿奠基典礼，经过2年的时间，大雄宝殿举行了落成开光典礼，至此佛祖寺又恢复往日的气氛。

佛祖寺历代历届住持据我们所知道的有开山柳本尊南宋赵智凤中代祖师旭野名常风清朝庆云法师解放后住过的有尼众杨普德释常和住持师释能勇。

释能勇法师，法号净慧。现为重庆市佛教协会理事、大足县佛教协会副会长，1999年由重庆罗汉寺智明法师介绍，礼罗汉寺智觉法师为剃度恩师，后又经推荐到峨嵋山佛学院学习，饱读诗书佛经。自住持佛祖寺以来，维修和扩建寺庙，修建公路；到处传经说法，弘志多年不变，发愿要把佛祖寺建成一流的佛学寺院。