生化危机3[1.0.1] 本作的前半部份发生于《生化危机2》之前，女主角吉尔于洋馆事件后，一直调查有关安布雷拉公司的地下业务。

当时美国联邦政府决定以核弹彻底毁灭浣熊市，吉尔于是展开她的逃亡之旅。在逃亡期间，她受到安布雷拉公司欧洲分部派来浣熊市的生物武器追击者（Nemesis）追杀，并且遇上了隶属于Umbrella Biohazard Countermeasure Service（UBCS）的男主角卡洛斯，以及UBCS成员Mikhail Victor、Nicholai Ginovaef。吉尔及卡洛斯逃至市政府时，吉尔不幸受到追击者攻击而感染了T-病毒，于是卡洛斯便到安布雷拉公司旗下的附属医院寻找解药。

本作的后半部份发生于《生化危机2》之后，吉尔已经康复过来，于是继续出发逃命。此时美国联邦政府已经準备发射飞弹实施“灭菌作战计画”，吉尔需要在15分钟内离