包龙星（周星驰饰）自幼家贫，但他有志要像先祖包公一样做个明镜高悬的清官。龙星长大，亲戚们出钱给他捐了个候补知县，是个九品芝麻官。 龙星聪明机智，外表糊涂，每断奇案。举人方唐镜（吴启华饰）包揽同讼，龙星叔包有为（吴孟达饰）在县衙任师爷，被方唐镜小惠利诱，干扰龙星办案，使龙星成为人见人恨的贪官。

京城神捕雷豹（徐锦江饰）捕盗误闯豪富戚家婚礼，大打出手，龙星设计把雷豹骗到衙门捕获。戚家新婚娘子秦小莲（张敏饰）美艳无比，水师提督之子常威（邹兆龙饰）慕其美色，乘醉强姦小莲，丑行败露，竟行兇杀戚全家13口。 常威逃时被僕人来福和地保发现，遂被捕入狱。 水师提督使方唐镜送3万两白银给龙星，龙星不知所措。开庭之日，方唐镜终以伪证推翻原判，反诬小莲与僕人来福通姦毒杀亲夫一家。并告龙星接受小莲白银3万两，合谋陷害常威。陈县令宣布常威当堂释放。龙星知小莲冤枉，与其叔有为夜潜义庄查尸，反落入常氏父子的陷阱，被以受贿和勾结江洋大盗罪判处死刑。包有为和包氏宗亲设计让龙星越狱，带着半块珍藏20多年的饼作为证物，进京去找刑部尚书。 包龙星越狱，陈县令放出雷豹，命他追杀龙星。雷豹紧迫不捨，龙星在河边被杂技团班主吴广德、吴好缇（钟丽缇饰）兄妹相救。吴好缇识破龙星身份，二人订下百年之好。龙星找到刑部尚书，不料他已和常氏父子有了串通。 龙星告状不成，与其叔有为失散，盘费用尽，流落街头。

包龙星无意间走进“凤来楼”，被误为贵公子招待，结果身无分文，被罚在妓院做苦工补偿酒饭钱。名妓柳如烟（蔡少芬饰）见龙星无依无靠，生性善良，生爱慕之心。时值皇帝带神捕豹头和协理大臣来访如烟。龙星为皇帝解困，二人成为莫逆。 龙星向皇帝告秦小莲冤案，皇帝封龙星为八府巡按，回广东与刑部尚书、水师提督共审秦小莲一案。 大堂上，龙星智斗方唐镜，经过几次较量，案情大白，常威终于命丧铡刀之下。 秦小莲一案了结，龙星也辞官从商，与爱妻吴好缇、柳如烟一起怡养天年。

演职员表参考资料.

该片主人公包龙星从青楼练功到智斗权贵，虽然匪夷所思，却符合底层小市民的幻想。这个构思来自于周星驰自身的写照，也是他一直从市井语言中获得灵感。

在《九品芝麻官之白面包青天》中，周星驰语露锋芒毫不忌惮用黑脸漂白、荒腔走板对包青天进行了一番戏谚。（中国安徽线上评）

该片有着怪异、暗淡、阴谋、无奈、辛酸、血泪等元素，剧情虽荒诞离奇，却无法阻挡笑脸后的阴暗。荒诞到极点便是严肃到极点。该片从方唐镜那段颠倒是非的辩护开始，就对那个时代无法无天的社会现状展开了嬉笑怒骂般的嘲讽。然而一个皆大欢喜的喜剧是经不起仔细推敲的，这个如此美满的结局有着太多的或然性。如果不是包龙星误打误撞进了青楼，他又怎幺能遇见皇帝，从而从根本上扭转案子的局势，而在青楼碰见皇帝实在是太过匪夷所思。在一个这样的场所发生了让整个剧情颠覆的转折，也许正反衬了比青楼更龌龊的是外面的社会。该片的最后更是让观众瞠目结舌，包龙星居然能和皇帝身边的红人在公堂上对骂，之后更以毒攻毒，先假装使用酷刑，唬得证人不敢撒谎，而后又用近乎无赖的方式骗得案犯吐出事实的真相。该片中“小人物”完美地战胜了这个黑暗的社会。但在可悲的年代，又有多少官员能如此拥有尚方宝剑和複杂的关係网路，这一切可能会让观众拍手称快，但也许在包龙星内心深处却希望以后永远不要再採取这样的方式去换回一个人的清白。小人物站在历史的暗角高傲地嘲笑了一回，荒唐地胜利了一次。该片或许过于渲染，但足以引起观众们的深思，法律的背后是否是因为实体和程式的正义而达到结果的正义。（《中国法治文化》评）