亚塞拜然海军的成立可追溯至1918年8月5日，因为当时俄罗斯帝国的舰队部署在亚塞拜然的领海区域内，亚塞拜然民主共和国政府决定成立这支海军。当时只有6条船。苏联统治亚塞拜然以后，这支舰队被改编入苏联海军。1991年苏联解体，苏联裏海舰队被亚塞拜然和俄罗斯联邦瓜分。1992年6月，这些亚塞拜然拥有的船只被挂上了亚塞拜然国旗，正式投入使用。根据盖达尔·阿利耶夫1996年颁发的总统令，8月5日被定为亚塞拜然海军日。到今天，亚塞拜然海军被认为是继俄罗斯联邦之后实力第二强的裏海舰队。

简氏海军年鉴在2001－2002版中说，亚塞拜然海岸警备队在2002年7月成立。船只则是改编自裏海舰队和苏联边防部队。舰队最早的总司令是Rafig Asgarov，舰队由海军中将Shahin Sultanov领导

亚塞拜然海军成立于1992年9月，其中部分装备来自前苏联的边境警卫队和裏海分舰队，主要装备有巡逻艇、扫雷舰和两栖作战舰艇。其主要任务是保护沿湖油田和设施，并执行反走私巡逻任务。海军总兵力约2 200余人，基地位于巴库。 拥有各型舰艇约40艘。

其中水面作战舰艇4艘：小型护卫舰1艘（“别佳”-1级，满载排水量1 100吨，装备76毫米舰炮4门，12管反潜火箭炮2门，5联装406毫米鱼雷发射管2座）；飞弹艇3艘（“黄蜂”-1级，满载排水量210吨，装备SS-N-2B型“冥河”式反舰飞弹4枚，30毫米双联装全自动高射炮2门）；两栖战及扫布雷舰艇16艘：中型登入舰1艘（波兰制“北方级”，满载排水量1 100吨，装备4联装SA-N-5B型“杯盘”式舰对空飞弹发射架4座，18管反潜火箭炮2门，可载士兵180名，坦克6辆）；扫雷舰艇15艘（-43型扫雷舰1艘，满载排水量580吨，装备37毫米双联装半自动高炮2门，深弹发射装置2座，水雷16枚；“尤尔卡”级2艘，满载排水量460吨，装备30毫米双联装全自动高炮2门，水雷10枚；“索尼亚”级猎雷艇5艘，满载排水量400吨，装备30毫米双联装全自动高炮1门，水雷5枚；“瓦尼亚”级3艘，满载排水量2 600吨，装备30毫米全自动高炮1门，水雷8枚；“叶夫根尼亚”级4艘，满载排水量90吨，装备14.5毫米双管高射机枪1挺）。

其它舰艇19艘（近岸巡逻舰17艘：“斯坚卡”级10艘，SO-1级5艘，“甲虫”级1艘，“科特林”级1艘；支援舰2艘：“波波夫”级打捞船1艘，“巴勒里·乌里瓦耶夫”级科学考察船1艘，满载排水量为700吨）。

作为这一地区内同西方关係最亲密的国家，亚塞拜然海军近几年与美欧各国海军开展了多次联合演练。并从土耳其和美国接收了几艘小型舰艇。美国为亚塞拜然海军配备了部分现代化武器，并帮助阿培训了一批海岸警卫队队员。2011年9月，美国宣布决定向阿提供1000万美元军事援助，以帮助后者“加强裏海反恐军力”。

2006年美国赠送给了亚塞拜然3艘摩托艇，还有让美国援助更新裏海舰队中的战舰的协定。

2006年5月19日，亚塞拜然海军和土耳其海军举行了一次联合军演。内容是保护巴库的石油和天然气管道。这次演习的目的是保证巴库-提比里西-杰伊汉管道的安全。演习的第一个任务是清除海床上安放的地雷，之后是将假象的恐怖分子设定的陷阱拆除，最后则是海空的联合操练。

2007年亚塞拜然海军和美国的一座军工厂达成协定，标誌着亚塞拜然的部分船只将会装备更先进的雷射瞄準设施。美国专家也会对这一设施的使用给予培训。