整座院落分为三部分，布局上平面而左右对称，属于中国传统建筑风格。主要建筑有影壁、寺门、仪门、礼拜殿、碑厅、讲堂、经堂、学堂、沐浴室等。寺门是传统的中国风格建筑，上面镌刻着“真教寺”；仪门上悬挂着许多有关伊斯兰教的牌匾和楹联，门洞里还有记载该寺历史和有关伊斯兰教礼仪的碑文；礼拜殿由前殿、中殿、后窑殿组成，其中中殿上方还建有望月楼。

益都真教寺是山东省东部地区的伊斯兰教活动中心。