属曹洞鼓山派下的一支，清朝中叶，该禅院进入鼎盛时期，下属有龙馨寺、长兴寺、安澜禅室以及南屿石松寺、连江宝林寺等5所寺院。1949年改名清凉寺。1958年对私房进行社会主义改造时，寺产仅留佛殿，而天后殿及所有附属房屋均划为公产。此时，寺面积仅剩300多平方米。“文化大革命”开始后，寺址改为菜园居民委员会的办公地点和骨骼加工场，僧众及斋公均解散，寺内只剩志坚、志宏两僧，两殿佛像及文物均遭毁。中共十一届三中全会后开始落实宗教政策，1985年正式归还殿堂重新开放。